Fostul preşedinte Ion Iliescu a fost pus sub acuzare de procurorii militari în dosarul "Mineriada" pentru infracţiuni contra umanităţii, constând în aceea că, în calitate de preşedinte al CPUN, a decis reprimarea violentă a manifestaţiei din Piaţa Universităţii prin declanşarea unui atac asupra populaţiei civile în iunie 1990, urmat de aducerea minerilor din Valea Jiului în Capitală.
Potrivit ordonanţei întocmite de Parchetul Militar, iniţial, Ion Iliescu a fost cercetat pentru trei infracţiuni: propagandă pentru război, genocid (săvârşit prin: uciderea membrilor colectivităţii sau grupului, vătămarea gravă a integrităţii fizice sau mintale a colectivităţii sau grupului, supunerea colectivităţii sau grupului la condiţii de existenţă sau tratament de natură să ducă la distrugerea fizică) şi tratamente neomenoase prin dislocare sau lipsirea de libertate fără temei legal.
Ulterior, procurorii militari au dispus schimbarea încadrării în infracţiuni contra umanităţii constând în aceea că "în zilele de 11-12.06.1990, în calitate de preşedinte al Consiliului Provizoriu de Uniune Naţionala (CPUN), împreună cu Roman Petre, Măgureanu Virgil, Voiculescu Gelu-Voican, Dumitru S. Nicolae, general (rez.) Chiţac Mihai, general-maior (rez.) Diamandescu Corneliu, general maior (rez.) Florescu Mugurel şi alţii, a decis reprimarea violentă a manifestaţiei din Piaţa Universităţii, în baza acestei hotărâri fiind declanşat, în dimineaţa zilei de 13.06.1990, un atac asupra unei populaţii civile, la care au participat forţele militare ale Ministerului de Interne, Ministerului Apărării Naţionale şi Serviciului Român de Informaţii, atac soldat cu decesul a patru persoane şi rănirea a altor trei prin împuşcare, precum şi vătămarea corporală şi lipsirea de libertate a aproximativ 270 de persoane".
Procurorii mai susţin că Ion Iliescu, Petre Roman, Virgil Măgureanu, Gelu Voican Voiculescu, Nicolae Dumitru, Corneliu Diamandescu, Mihai Chiţac şi Mugurel Florescu au decis, pe data de 13 iunie 1990, organizarea unei deplasări la Bucureşti a unui număr de peste 10.000 de mineri din Valea Jiului, care au continuat atacurile din Piaţa Universităţii asupra populaţiei civile, provocând vătămarea corporală şi lipsirea de libertate a aproximativ 1.000 persoane.
În acelaşi dosar mai sunt urmăriţi penal fostul director al SRI Virgi Măgureanu, general-maior (rez.) Corneliu
Diamandescu, gen (rez.) Peter Petre (fost comandant al U.M. 0575 Măgurele), gen (rez.) Vasile Dobrinoiu (fost comandant al U.M. 0828 Băneasa - Şcoala Militară Superioară de Ofiţeri a MAI), viceamiral (rez.) Emil "Cico" Dumitrescu (fost şef al Direcţiei Generale de Cultură, Presă şi Sport din MAI), general maior (rez.) Mugurel Florescu (fost şef al Parchetului Militar), Nicolae Dumitru (fost vicepreşedinte al FSN), Cazimir Ionescu (fost vicepreşedinte al CPUN).
De asemenea, mai mulţi lideri de sindicat şi directori de mine, precum şi alţi oficiali au fost puşi sub acuzare pentru că au organizat deplasarea în Capitală a minerilor din Valea Jiului: Miron Cozma (fost preşedinte al Ligii Sindicatelor Miniere Libere "Valea Jiului"), Cornel Burlec Plăieş (fost ministru adjunct al Ministerului Minelor) - i-a preluat pe mineri la sosirea în Gara de Nord; Gheorghe Dobre (fost director Regionala CFR Craiova) - a asigurat condiţii pentru ca trenurile cu mineri să aibă drum liber până în Capitală; cpt. (rez) Nicolae Cămărăşescu (fost inginer la Exploatarea Minieră Aninoasa), Ştefan Bacs (fost lider de sindicat la Mina Lonea), Nicolae Ciocan (fost lider de sindicat la Exploatarea Minieră Deva), Nicolae Stanca (fost director Exploatarea Minieră Deva), Viorel Temelescu (fost lider de sindicat la Exploatarea Minieră Motru), Nicolae Miclăuş (fost lider de sindicat la Exploatarea Minieră Ţebea), Petre Doroftei (fost director E.M. Ţebea), Petru Braiţ (fost lider sindical la E.M. Petrila), Matei Drella (fost lider sindical la Mina Bărbăteni), Gheorghe Marchiş (fost director la E.M. Petroşani), Ioan Constantin Ilinescu (fost inginer E.M. Aninoasa), Gheorghe Soltănel (fost director E.M. Comăneşti), col (rez.) Dumitru Bondoc (militar activ la Secţia de Informaţii Gorj-Biroul Motru).
În acelaşi dosar, procurorul general Tiberiu Niţu a solicitat preşedintelui Klaus Iohannis declanşarea procedurilor pentru formularea cererii de urmărire penală faţă de Petre Roman, Victor Atanasie Stănculescu şi Gelu Voican Voiculescu sub aspectul săvârşirii infracţiunii contra umanităţii, întrucât faptele cercetate s-au petrecut în perioada în care aceştia aveau calitatea de miniştri.