El a fost numit de liderul sovietic Mihail Gorbaciov în fruntea serviciului de securitate după ce șeful său anterior, Vladimir Krîuțkov, a jucat un rol important în lovitura de stat eșuată împotriva lui Gorbaciov din august 1991.
Într-o întâlnire televizată cu un fost disident, difuzată câteva săptămâni mai târziu, Bakatin a declarat că a găsit deja un dosar al poliției de securitate despre bunicul său, care a fost executat sub Iosif Stalin în 1937 după ce a fost denunțat de un informator.
De asemenea, el a spus că este de acord în principiu la ideea deschiderii arhivelor KGB pentru a face lumină asupra unor mistere nerezolvate, cum ar fi asasinarea președintelui american John F. Kennedy în 1963.
"Aveți dreptate într-un singur lucru: arhivele referitoare la acele mistere în care stabilirea adevărului are o mare importanță pentru omenire - acestea trebuie deschise", i-a spus Bakatin fostului disident Vladimir Bukovsky.
Bakatin nu a avut niciodată timp să dea curs acestei promisiuni, deoarece Uniunea Sovietică s-a prăbușit în câteva luni.
Cu toate acestea, el a ajuns pe prima pagină a ziarelor pentru un gest de bunăvoință, predând Statelor Unite o geantă plină de dispozitive de ascultare și un set de planuri care arătau cum KGB-ul a ascultat ambasada americană din Moscova.
Un raport al Washington Post din decembrie 1991 spunea că emisarul american Robert Strauss a povestit reporterilor incidentul și l-a citat pe Bakatin, care a spus: "Vreau să vi le dau și vreau să le predau guvernului dumneavoastră, fără condiții, fără niciun quid pro quo, în speranța că poate vă putem răsplăti, vă putem economisi niște bani, poate veți putea folosi din nou acea clădire într-o zi".