Chişinăul susţine şi priveşte cu speranţă iniţiativa cancelarului german Angela Merkel şi a preşedintelui rus Dmitri Medvedev de creare a unui comitet UE-Rusia, care se va ocupa şi de problema transnistreană. Cei doi lideri au convenit asupra înfiinţării unei astfel de structuri la data de 5 iunie.
Într-un comunicat difuzat presei, Guvernul Republicii Moldova îşi exprimă speranţa că angajamentul politic asumat de liderii celor două ţări "va deschide perspective promiţătoare în reglementarea conflictului transnistrean". Crearea acestui grup de lucru nu va exclude însă negocierile în formatul 5+2 (Chişinău, Tiraspol, Rusia, Ucraina, OSCE plus UE şi SUA ca observatori).
Opiniile analiştilor politici de la Chişinău referitoare la ideea înfiinţării unui comitet UE-Rusia care să aibă în vizor şi diferendul transnistrean sunt împărţite. Sergiu Mocanu, cunoscut la Chişinău ca un susţinător al ideii de renunţare la Transnistria în favoarea integrării europene rapide a Republicii Moldova, susţine că, prin crearea acestui comitet, Germania vrea să-şi rezolve nişte probleme economice: "Germania mai are câţiva ani ca să-şi rezolve pentru totdeuna problema energetică. Şi atunci un anumit flirt cu Rusia este în interesul Germaniei, dar nu şi în interesul Republicii Moldova. Nici un comitet UE-Rusia nu va rezolva problema transnistreană".
Nici analistul politic moldovean Oazu Nantoi nu investeşte mari speranţe în acest comitet, dar consideră că înfiinţarea lui ar aduce şi avantaje Republicii Moldova. În opinia sa, "dacă totuşi se va ajunge la crearea acestui comitet, Rusia se va pomeni într-o situaţie incomodă, deoarece sprijinul Rusiei pentru regimul ilegal de la Tiraspol în detrimentul suveranităţii Republicii Moldova este prea evident, iar aceasta atentează la securitatea frontierei de Est a UE".
Fostul ambasador al Republicii Moldova la Moscova, Anatol Ţăranu, consideră că ţara nu trebuie să mizeze pe faptul că "atunci când cuţitul îi va ajunge la os cineva va lupta până la ultimul cartuş pentru Republica Moldova împotriva Federaţiei Ruse". (...) "Europa este mai puţin interesată astăzi de Republica Moldova în comparaţie cu interesul pe care îl are faţă de Federaţia Rusă. Medvedev încearcă astăzi din răsputeri să promoveze ideea Acordului securităţii europene, acord care, în opinia diplomaţilor şi politicienilor ruşi, ar trebui să neutralizeze NATO. (...) Pentru noi, crearea acestui comitet UE-Rusia nu este o deschidere în soluţionarea problemei transnistrene. Faptele obiective demonstrează că nimic nu prevesteşte o schimbare spectaculoasă în această direcţie". Totuşi, un astfel de comitet, în opinia lui Ţăranu, ar putea fi extrem de util pentru Republica Moldova în situaţia unui eventual conflict militar: "Crearea unui asemenea comitet ar însemna că relaţia dintre Moscova şi capitalele europene, în primul rând Berlinul, va fi facilitată. Să nu dea Dumnezeu să se întâmple un eveniment similar celui din Georgia - deci, posibilitatea ca UE să intervină va fi mai mare în caz dacă va fi creat un asemenea comitet. Din acest punct de vedere, acesta favorizează Republica Moldova".
Pe de altă parte, ministrul moldovean de Externe, Iurie Leancă, a declarat că "în 3-4 ani vom avea condiţiile necesare pentru soluţionarea problemei transnistrene". El a precizat că această problemă se va rezolva numai prin "apropierea Republicii Moldova faţă de Uniunea Europeană, apropiere ce va face Moldova mai atractivă pentru locuitorii din stânga Nistrului".